“中国原产、韩国开花、日本结果、欧美收获”，中医药陷入这样的困境，既有观念问题，也有制度问题，还有中医自身问题。根本问题是怀疑中医药的科学性。
一、民族虚无主义导致人们普遍轻视中医。西医随枪炮进入中国后，不少国人以民族虚无主义态度对待中医文化，贬低、怀疑甚至否定中医。清末维新运动时，就有人开始否定中医。国民党政府曾两次要消灭中医。解放后，中央卫生部王斌等提出，中医是封建医，应随封建社会的消灭而消灭。毛泽东对此进行了批评，撤了两位副部长的职，指出“中国医药学是一个伟大的宝库”。尽管国内再无人敢公开否定中医，但50多年来，中医始终处于被质疑、被验证、被改造的境地。一些怀疑中医的权威人士，总是借“中西医结合”、“中医药科学化现代化”之名，试图将中医“提高”到西医水平。
对东方文化颇有研究的德国慕尼黑大学东亚系波克特教授早在80年代就指出：“中医药在中国至今没有受到文化上的虔诚对待，没有确定其科学传统地位而进行认识论的研究和合理的科学探讨，没有从对人类的福利出发给予人道主义的关注，所受到的是教条式的轻视和文化摧残。这样做的不是外人，而是中国的医务人员。他们不承认在中国本土上的宝藏，为了追求时髦，用西方的术语胡乱消灭和模糊中医的信息”。
二、两法一条例阻碍中医药发展。“发展传统医学”虽然被庄严地写进宪法，但在一些具体法律法规和医疗管理制度上，实际上一直在歧视、歪曲和限制中医药。
执业医师法》规定，须有4年以上医学院校学历方能参加资格考试，且考试内容近一半是西医知识。导致学徒出身、未受过正规西医教育的民间中医拿不到行医资格。临床自制丸散膏丹是中医师的一项基本技能，民间秘方均是自制药，但《药品管理法》严格限制使用自制配药，否则，将以非法制售药物之名受到制裁。正在起草的医疗机构制剂审批管理办法规定：“医疗机构的制剂可以在指定的医疗机构之间调剂使用”；但“中药制剂一般不得调剂使用”。《中医药管理条例》也在诸多方面限制了中医药发展。
三、中医药界的自身问题。突出的是中医药界在许多方面丢失传统、自贬身价、屈就西医。
1．中医传统文化继承严重不足。中医药理论博大精深，发展中医药首先是要学习与继承，否则就成无源之水。但几十年来，不仅业外人士轻视中医文化，中医界自身也不重视中医药基础理论的学习与掌握。除极少数知名中医有较厚实的中医文化功底外，大多数中医的中医文化基础严重不足。
2．中医研究被动模仿西医模式。在中医界，不少人用西医理论来修正中医理论，以为这就是创新；用植物化学方法研究中药，以为就是中药现代化；用西医理化统计指标来衡量中医临床效果，以为就是规范化。正因如此，我国中医重大理论与药方研究没有多大进展。
3．中医医院严重西化。我国中医院基本上全是中西医“结合”医院。从看病诊断、处方用药、住院治疗到疗效检验，都是以西医为主。
最后，中医个性化治疗虽然代表着未来医学方向，但与占领市场份额和追求利润最大化的市场经济要求不相符合。受现实利益驱使，人们往往看重西医，看轻中医。
